An Stelle der heutigen Kirche befand sich ursprünglich ein Kloster der Sackbrüder. Dieser Orden wurde 1274 durch Beschluss des Zweiten Konzil von Lyon aufgehoben. 1279 übergab Bischof Heinrich von Isny das verwaiste Kloster dem Orden der Clarissen, welcher seit 1266 in Basel nachgewiesen ist. Im Jahr 1320 umfasste die circa 60 Meter lange Kirche einen saalförmigen Langchor, den Nonnenchor, von sechs Säulenjochen mit Polygonschluss. Daran anschliessend befand sich ein etwa gleich langes, dreischiffiges Langhaus, auch Leutkirche genannt. Das Gebäude war durchgehend flachgedeckt.

Von diesem Vorgängerbau stammen die vier westlichen Joche, welche man in der heutigen Kirche findet.

Im Gefolge der Reformation wurde 1531 der Nonnenchor abgebrochen und an seiner Stelle ein Bollwerk an das Schiff angebaut. Ab 1798 erhielten die Basler Katholiken Gastrecht in der Kirche und 1853 wurde der Langchor der wachsenden Gemeinde übergeben. 1858–1861 erfolgte eine Vergrösserung der Kirche.

Aufnahmetechnik:

Matterport Pro 2 Systemkamera mit Infrarot-Scan für das Raummodell.